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三轮，小组赛参赛球队恢复为32支，均分成8组进行第一阶段小组赛，各小组前两名共16队进入第二阶段的小组赛，第三名进入欧洲联盟杯（欧洲足联欧洲联赛前身，下面简称：欧联）第三轮；第二阶段小组赛分为4组，各小组前两名共8支球队晋级淘汰赛。2003/04赛季起，取消第二阶段小组赛，第一阶段小组赛各小组两名共16队直接进行淘汰赛。2亚洲足球网009/10赛季起，外围赛由3轮资格赛和1轮附加赛组成。2012/13赛季起

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2004年特别打造一只全金版本的奖杯颁予阿森纳，以表扬其全季不败亚洲足球网夺冠的功绩。